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雖然褪黑激素Melatonin的安全劑量高達數百倍，不過難道真的沒有什麼副作用嗎??我們找了一些網路上的報導，發現大部分的副作用都是胃腸不適、及過敏這些症狀；但是有一篇來自臺北榮民總醫院毒藥物防治諮詢中心，過去因服用melatonin過量而諮詢的個案。自民國85年2月至86年4月間，共有39名因melatonin過量。

結果發現，在扣除10名基本資料不全或服用劑量未知的個案後，其他29名個案之症狀，主要以輕度中樞神經抑制的嗜睡、頭暈及全身虛弱為主；有3人雖服用過量melatonin，但並未產生任何症狀。根據本研究顯示，melatonin的毒性不高，而絕大多數患者的症狀皆在1-2天內完全消失，且未有任何後遺症。

到目前為止並沒有發現此類物質有其他嚴重的副作用。