類風濕性關節炎是一種慢性發炎性的關節疾病，在台灣的盛行率大概是1%。病人以女性居多，大約是男性的3倍。它的臨床症狀是雙側性關節發炎，一開始大都發生在手、腕、膝、足等四肢關節(嚴重時也會影響頸椎關節) ，產生熱、腫、痛及僵硬感。病程一久，就會造成關節的變形、嚴重的疼痛與肢體的失能，對病人的生活品質產生巨大的影響。尤其這種疾病好發於30-50歲的壯年期(約80%)，對於個人、家庭和社會造成經濟上的負擔。
除了傳統的藥物療法以外，有另外一種免疫療法，則是口服耐受性療法，又稱為黏膜疫苗。它的原理是利用腸胃道黏膜反應的特性，腸胃道是消化系統，每天必須面對各式各樣的外來物質，包括食物或是微生物。免疫系統的第一要件，就是分辨敵友的能力，也就是打擊有害的物質，然而，更重要的是容忍無害的物質。
大家可以想像，如果我們的免疫系統不能容忍任何外來的物質，包括食物的話，我們只要一吃東西，就會引起上吐下瀉的腸胃炎，那我們就會餓死了。因此這個機制，對人類的生存是很重要的，免疫學家把它稱為口服耐受性。也就是說，無害的物質經由口腔進入腸道黏膜，與身體的免疫系統接觸，免疫系統可以認識它是無害的，而容忍它，不加以攻擊。這個現象早在1911年就被發現了，免疫學家發現如果先餵食小鼠卵蛋白，在用卵蛋白誘發小鼠過敏，小鼠比較不會產生急性過敏反應(anaphylaxis)。然而，一直要到1970年代，我們對於T細胞免疫比較清楚之後，這個現象才被大量的研究。
口服耐受性的產生，主要是腸道黏膜的免疫系統接受到無害的物質後，會產生認識該物質的抗原特異性調節型T細胞(antigen-specific regulatory T cell) ，這種調節型T細胞，會分泌出TGF-β以及IL-10這類抑制性的細胞激素，這些激素會抑制Th1細胞的活化，使免疫系統不產生發炎性的免疫反應。
例如當我們晚上吃下一客頂級牛排，當牛肉蛋白進入腸胃道中與黏膜的免疫系統接觸，抗原呈現細胞(antigen presenting cell)就會將牛肉蛋白呈現給免疫系統中，認識牛肉蛋白的調節型T細胞，這種調節型T細胞就會被活化而分泌出TGF-β以及IL-10 ，這些抑制性的細胞激素就會抑制鄰近其他發炎性T細胞的活性，使它不去攻擊牛肉蛋白，而不會引起一連串的發炎反應。這樣你就可以享受一頓愉快的晚餐，而不會鬧肚子了。免疫學家稱這種具有特異性的免疫抑制反應為近鄰抑制 (by-stander suppression)。
由於腸道黏膜免疫系統的這種特性，許多學者都對口服耐受性產生極高的興趣。因為目前許多免疫性的疾病像是過敏、自體免疫(類風濕性關節炎、多發性硬化症、第一型糖尿病等免疫系統過於亢進的疾病，醫界與學界都束手無策。如果能夠利用口服耐受性，將特定的抗原經由口服方式，刺激腸道黏膜的免疫系統，來調節亢進的免疫反應，就能夠徹底地治療這類疾病。
這種想法是很符合科學邏輯的，在許多的動物實驗中也證明有它的效果，例如過敏性腦脊髓炎、糖尿病、重症肌無力，當然還有二型膠原蛋白所引起的類風濕性關節炎。這個動物實驗的機轉是餵食關節炎老鼠萃取自雞的二型膠原蛋白後，二型膠原蛋白在腸道黏膜中，透過抗原呈現細胞(antigen presenting cell)活化認識二型膠原蛋白的調節型T細胞。這些調節型T細胞會對它周圍的認識二型膠原蛋白的發炎型T細胞產生鄰近抑制，使認識二型膠原蛋白的發炎型T細胞不活化。所以當這些不活化的發炎型T細胞從腸道移動到淋巴組織中，並隨著血流，來到關節組織中也不會去攻擊關節中的二型膠原蛋白，關節自然就不會發炎。
不幸的是，同樣的方法在人體臨床試驗中所得到的效果，就不那麼明顯了。免疫學家檢討其中的原因，發現腸道中的菌叢環境決定了口服耐受性的效果。為什麼腸道菌叢對於口服耐受性的效果佔有決定性的地位呢?主要有兩個原因，第一個是腸道中的菌叢決定了腸道免疫系統的微環境(microenviroment)。這個道理很容易以理解，如果我們的腸道中充滿了壞菌，腸道免疫系統必須全力備戰，這時候腸道系統中就會充滿了磨刀霍霍發炎性T細胞，它們拼命的製造發炎的細胞激素，像是IL-1或是IL-6，有了這些堅強的戰力，我們才能免於壞菌的侵襲。相對的，在這種烽火連天的戰場上，擔任和平使者調節型T細胞，可就沒有出場的機會了，所以也就很難引起口服耐受性的免疫反應。另一個原因是，當腸道內因為壞菌太多，而導致慢性發炎，往往會影響正常的腸胃道消化吸收功能，這樣也會影響抗原的呈現，因為抗原必須被適當的消化分解，才能被抗原呈現細胞呈現給免疫系統，如此也會影響口服耐受性的效果。
因此免疫學家進一步改良口服耐受性療法，而將目前最新的關節炎免疫療法稱為免疫特異性標靶療法(immuno-specific target therapy)。這個方法徹底改善口服耐受性療法的缺點，大大的提升了治療風濕性關節炎的效果。這個療法的優點是利用益生菌來改善患者的腸道菌叢，因為益生菌是長期與人體共生的有益菌，所以人體的免疫系統能夠認識它，產生調節型T細胞，對它產生免疫寬容。因此如果腸道中的益生菌是優勢菌叢，它就能使腸道的免疫環境充滿抑制型的細胞激素(TGF-β及IL-10) ，製造出一個平和的免疫微環境。如果這時候再口服二型膠元蛋白就比較容易產生免疫耐受性，產生二型膠原蛋白特異性調節型T細胞，這些T細胞就會抑制二型膠原蛋白特異性發炎型T細胞的活化，使它不去攻擊關節的組織，關節的發炎就會緩解。
許多研究顯示Lactobacillus reuteri這種益生菌能夠刺激腸胃道免疫系統，產生最高量的IL-10。臨床上也發現它對於關節炎的病患有症狀緩解的效果，因此目前這株乳酸菌是進行免疫特異性標靶療法的首選．
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